De typiske dagligdags opgaver består i enten at PDF'e et dokument eller et billede, eller måske lave merge-and-split, hvor du skal bruge en enkelt side fra et større dokument, og evt. presse det ind imellem to sider i et andet dokument. Derudover kan der være brug for at pille grafiske objekter ud af en PDF eller lave små redigeringer.
Hvilket program der er bedst, afhænger af det konkrete behov. Hvis du har brug for daglig merge/split samt lidt små-redigering, kan du sikkert klare dig med LibreOffice. Hvis du er ude i decideret DTP- eller Grafikarbejde, skal du nok kigge på enten Inkscape, Scribus eller Gimp.
Jeg har selv brugt LibreOffice både til merge-split, men også til at redigere direkte i teksten, og i visse tilfælde at udtrække grafiske elementer fra en PDF.
Jeg har i tidens løb skrevet en del om PDF her: http://libreofficedk.blogspot.dk/search/label/PDF . LibreOffice har faktisk mulighed for at redigere i PDF-filer, og det kan du læse om her: http://libreofficedk.blogspot.dk/2013/06/sjldent-brugt-rediger-pdf-filer.html
Der findes en lang række gode og dårlige programmer, og jeg vil ikke anbefale den ene frem for den anden. De fleste skal bruge et Java afviklingsmiljø.